Ostoja Zapceńska znajduje się na równinie sandrowej w północno-zachodniej części kompleksu leśnego Bory Tucholskie. Dominuje to krajobraz leśny (66%) z udziałem siedlisk rolniczych (16%). Na obszarze tym występuje sporo ekosystemów wodnych i wodno-błotnych w tym jeziora lobeliowe i ramieniowe. Jeziora ramieniowe charakteryzują się podwodnymi zbiorowiskami roślinnymi zdominowanymi przez ramienice tworzące tzw. łąki ramieniowe. Dodatkowo krajobraz wzbogaca rzeka Kłonecznica która w dolnym przyujściowym biegu ma charakter rzeki górskiej. Rzeka ta jest prawym dopływem Zbrzycy o długości 27 km.

Na obszarze ostoi Zapceńskiej podawane było występowanie Botrychium simplex – było to jedno z dwóch ostatnich stanowisk tego gatunku w Polsce!

Na terenie leśnictwa Bukówki planowane jest utworzenie rezerwatu "Kruszynek".

Typy siedlisk obszaru Ostoja Zapceńska

• Jeziora lobeliowe
• Twardowodne oligo- i mezotroficzne zbiorniki wodne z podwodnymi łąkami ramienic Charetea
• Starorzecza i naturalne eutroficzne zbiorniki wodne ze zbiorowiskami z Nympheion, Potamion
• Naturalne, dystroficzne zbiorniki wodne
• Nizinne i podgórskie rzeki ze zbiorowiskami włosieniczników Ranunculion fluitantis
• Suche wrzosowiska (Calluno-Genistion, Pohlio-Callunion, Calluno-Arctostaphylion)
• Niżowe i górskie świeże łąki użytkowane ekstensywnie (Arrhenatherion elatioris)
• Torfowiska wysokie z roślinnością torfotwórczą (żywe)
• Torfowiska przejściowe i trzęsawiska (przeważnie z roślinnością z Scheuchzerio-Caricetea)
• Górskie i nizinne torfowiska zasadowe o charakterze młak, turzycowisk i mechowisk
• Pomorski kwaśny las brzozowo-dębowy (Betulo-Quercetum)
• Bory i lasy bagienne (Vaccinio uliginosi-Betuletum pubescentis, Vaccinio uliginosi-Pinetum, Pino
• Łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe (Salicetum albo-fragilis, Populetum albae, Alnenion
• Sosnowy bór chrobotkowy (Cladonio-Pinetum i chrobotkowa postać Peucedano-Pinetum)